这是关于一个小女孩的故事，这个小女孩在讲故事方面非常有天赋。因此，她的小伙伴们对她很着迷，并被她的故事带到了神秘的世界中。神话故事是无价的财富，是适合每个群体的阅读材料。就像缠绕着宝藏的绳子慢慢被解开，神话故事开始世界各地被传播，起先是经过口头传播，后来也有一些被书籍收录，成为传统文化的一部分。但是，还是有着大量的故事没有被人们所知道。许多的故事还处在“睡眠状态中”，等待着被人们“唤醒”。它们需要一些热爱讲故事的人将它们带到生活中来，把这些故事讲给那些单纯的爱听故事的小孩听。年轻的人总是愿意用介于现实和想象之间的这样一种眼光来看这个世界。

小兰的朋友原子家（铃木财团）准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

来自三眼星球的男孩天眼，来到地球进行假期考察，恰巧落到了一个小学四年级的10岁女孩香凌的家。香凌妈妈开了一个冰激凌小店，做出的冰激凌成为天眼的最爱。在香凌爸爸、妈妈心中，天眼只是一只可爱的小猫，只有香凌和好朋友甄美丽、许博文、武冠军知道天眼的来历。香凌是一个学习成绩平平，但是心地善良，爱幻想，不甘落后的女孩子。天眼纯真、善良，是一个快乐的小天使，无论香凌和朋友们出现什么难题，只要提供一份冰激凌，他都能使用魔力加以解决。香凌的“对手”是同班的张胜男和李亨、刘哈。张胜男学习成绩好，家境优越，但是她爱拉帮结派，骄傲、嫉妒，不是挖苦香凌，就是打击甄美丽。虽然，她有时利用天眼的魔力，想做一点损人的事，结果却是搬起石头砸了自己的脚。

天眼神虎来自天眼星球上，具有神力，听说地球人没有魔力，想来地球显摆，象天眼一样，当一回地球上的超级明星。机会终于来临，死皮赖脸跟随天眼来到地球，虽然不曾认为冰淇淋好吃，却意外吃到香凌的牛皮糖，耍赖不回天眼星球了，坚决要当香凌家的客人，还答应当着香凌爸爸妈妈的面假装毛绒玩具。天眼对单独留在地还球上的天眼神虎很不放心，总担心他滥用自己的魔力给香凌他们造成麻烦。香凌心一软，答应把天眼神虎留在自己家。甜 筒有事必须回天眼星球去，只好把顽皮的天眼神虎托付给了香凌。天眼临走前秘密给天眼神虎留下了呼唤自己的方法：《天眼之歌》和跳舞，天眼便会及时赶回地球来。天眼神虎觉得自己是老大了，开始用魔力大显身手。但他虽有助人之心，魔力却有限，考虑问题又丢三拉四，结果魔力很快成为捣乱罪魁，闹得鸡犬不宁，香凌爸妈没意识到家里新出现了外星人天虎，还以为天虎只是香凌的毛绒玩具。

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary Read”在那里留有宝藏”的传说……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，一名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至海底宫殿。

以虹猫蓝兔为首的七侠打败了魔教之后,森林大地眼看着恢复了和平，实际上却不得不面临一场更大的灾难。一颗陨星降落在蓝兔宫殿附近，蓝兔因此受到严重辐射而生命垂危，只有天狼门的金晶石才能救治。与此同时，鼠族的大祭司与鼠后则制定了一个阴险的计划：夺取传说中的全部五颗晶石，吸收陨星的能量称霸森林。

科科是念二年级的小学生，和其他小朋友一样，他每天念着连大人都觉得头疼的小学教材，机灵的头脑总是有着问不完的问题，爱玩爱闯的他一路跌跌撞撞地长大着。他有个让自己骄傲的爸爸。因为科科的爸爸是个伟大科学研究者，最让科科神气的是爸爸会做很多各种各样奇怪的飞机。科科在一个雷雨交加的傍晚收留了一个楚楚可怜的小番茄人么么。因为工作繁忙，科科并不能像其他小朋友一样和爸爸一起游泳野餐，小不点么么就成了他生活上不可缺少的朋友，科科有个幸福的家庭，聪明憨厚的爸爸、节检持家的妈妈还有淘气的小狗皮皮，自从胆小有可爱的么么来了之后，他的生活更加丰富多彩了。科科的生活简单却不平凡，因为他每天都在或快乐或惊险的嬉戏中成长，每次的“折腾”都让他和身边的小伙伴们懂得更多。

传说中，一名青年借助彩八仙的力量，建立彩云国。因此，彩云国领土划分成红州、黄州、碧州、蓝州、紫州、黑州、白州、茶州共八州。约600年前，当时的国王命令各州豪族以这八色为姓，并禁止平民与这八侯同姓，所以拥有这八色姓氏的人便意味着是贵族中的贵族。另外，由于首都所在的紫州侯为王，因此从此紫氏便成为代表王族的姓氏。红秀丽虽然出身于名门红家，但却过着贫穷的生活。只好为了生计而经常四处工作赚钱以便贴补家用。幼时经历过王位之争的动乱，深知民间疾苦，因此自小她便用功学习，希望能通过国试当上官吏，辅佐国王，建立一个富足安乐的国家。可是，身为女性的她不能参加国试。一天，秀丽因高额报酬而接受了霄太师的委托，以贵妃的身份进入后宫，教导辅助不理政事的昏君紫刘辉（但实际上是假装的）。以此作为契机，秀丽一步步迈向成为官吏之路。

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面。

又一个暑期来临，米莉和李非来到银沙湾度假，没想到与此地“炫火悠悠俱乐部”的队长欧阳岚发生误会，他们比赛战胜了欧阳岚，后来化敌为友，并且李非与欧阳岚联手战胜了马凯为首的“电击悠悠俱乐部”，欧阳岚与李非的合作给米莉带来了烦恼。这时，“银沙湾市俱乐部杯悠悠球邀请赛”即将举行，由于可以聘请外援，“电击悠悠俱乐部”请到了悠悠球高手高添助阵，形势危急，李非临危出手入队相助欧阳岚，由于高添的计策以及其他误会，最后竟导致米莉作为“电击悠悠俱乐部”外援参加大赛，李非、欧阳岚在高大树等人的帮助鼓励下，最终在大赛上取胜。年轻的悠悠球手们更加珍惜友情也更懂得了人生的意义。

传黑暗之门内，蕴涵着无穷的邪恶能量。只要有人铸造出黑龙剑，就可以打开黑暗之门，吸取黑暗之门内的邪恶能量。灵山门门主知道这一消息后，阴谋夺得黑龙剑的铸造秘籍，秘密铸造黑龙剑。黑龙剑即将出世！一个阴谋已经笼罩森林大地。要想阻止灵山门门主的阴谋、阻止黑暗门打开，依照祖训：在七七四十九天之内，到小和山与光明剑的传人会合，由铸剑人与虹猫一起破解长虹剑上隐藏的密码，找到铸造光明剑的七样必不可少的宝物，最后铸造出光明剑。经过一番周折，七侠找到了光明剑的铸造人，并开始准备铸造光明剑。众人齐心协力，一次又一次挫败了灵山门门主的阴谋阻止。就在灵山门门主借助星光，完成对黑龙剑第七次淬火、欲打开黑暗门之时，虹猫等七侠将七柄宝剑投入火炉，光明剑出世了！虹猫手执光明剑，粉碎了黑龙剑，阻止了黑暗门的打开。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。

6件大范围的连续杀人事件发生在东京周边的数个地区。警方除了目暮警部之外，还派了各县的警员增援，小五郎也参加了搜查会议。此时柯南却因为一个偶然的契机，发现一个警察从会议中离席，并乘上了一辆跑车离去。 “那辆车……居然，是琴酒！！” “黑衣人组织”中的一员居然潜入了搜查会议，琴酒肯定是想乘坐跑车逃走。连续杀人事件莫非是“黑衣人组织”做下的罪恶勾当？事态一触即发！！如果让琴酒知道工藤新一仍然活在这个世上，那么不止新一本人，只要和他扯上关系的朋友们都会被从这个世上抹杀掉。所以在明知危机四伏的情况下，柯南仍然开始单独进行调查。

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。