本剧剧情分为三部分依序为：帝骑完结编、双骑初始之夜、最后才为帝骑跟双骑联手打击怪人的电影大战2010。其中，帝骑完结编的主笔编剧为米村正二，写作风格结构松散、逻辑跳脱；双骑初始之夜的主笔编剧为三条陆，写作风格结构严谨、逻辑井然。此剧前面两部分各为负责的脚本家所撰写，最后一部分再同时融合此两位不同风格的脚本家联合写剧本。

故事关于主角红渡与父亲红音也两世代的人的故事。1986年，变化成人类并靠吸收人类生命能量存活的怪物牙鬼族在世间肆意横行，只有极少数人注意到了这一切并与牙鬼族展开了战斗。某一天，牙鬼族猎人麻生友里被她所狩猎的牙鬼族逼到绝境时，多亏被她所吸引的男子帮忙而顺利逃脱。这个不顾友里的斥责反而一味向她示爱的男子，名叫红音也。这位天才小提琴演奏家，由此获悉了牙鬼族的存在。时隔22年后的2008年，出现了一个以口罩覆面，收集垃圾捡鱼骨的奇怪青年，他的名字叫红渡，是红音也的儿子。他正为了能制作出超越父亲遗物“血色玫瑰”的小提琴而努力学习，但由于他那极度厌世的内向性格，经常引起各方的误会。这时，22年前曾一度逃脱的牙鬼族又再次出现了。这时小提琴“血色玫瑰”的琴弦突然开始振动，听到这声音的阿渡受着本能的驱使前往了牙鬼族出现的现场。被月蝠咬到后的阿渡瞬间变成了假面骑士月骑与牙鬼族战斗。

从神话时代起，每隔两百多年女神雅典娜和冥王哈迪斯之间就会发生异常规模宏大、惨烈非常的圣战。距今（1990年）243年前，也就是上一次圣战发生的时候。在欧洲某修道院内，曾经生活三个好朋友，分别是亚伦、亚伦的妹妹萨沙和日裔少年天马。看似平凡的三个少年却有着极不平凡的身份。萨沙很小时候便被希腊的访客带去圣域，原来她便是雅典娜女神的转世；天马功夫高强，正义勇敢，完全凭借自己的能力领悟了小宇宙，并由天秤星座黄金圣斗士童虎带回圣域修炼，最终成长为天马星座圣斗士；亚伦酷爱画画，一心画出完美的作品，而灵魂中冥王哈迪斯的意识正渐渐苏醒。新一轮的圣战在即，108冥斗士相继苏醒，并将触角伸向女神所在的圣域。英勇的圣斗士们不断集结，与邪恶的敌人展开连番斗争。而天马、萨沙、亚伦这三对好朋友，也不得不去面对宿命的安排……

一天名侦探毛利小五郎收到了一张寄给他的请帖，里面是一个神秘男子的委托，神秘男子邀请毛利小五郎等人前往横滨的一个游乐场。小五郎和江户川柯南一行人快乐地来到游乐场游玩，还带上了可以出入无阻的VIP手表。不料他们却中了那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则手表上的炸弹便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，如果柯南和小五郎不能解开谜题，小兰和少年侦探团也会随着游乐园一起粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人一起努力调查犯人的真面目时，危机却不断展露在眼前，时间一分一秒地逼近，犯人无赖地设下了最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名神秘男子居然直接称呼柯南为工藤新一，这到底是怎么一回事？

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场陷入一片火海之中。江户川柯南根据线索一步步地查明了几起案件的联系，并在最后找出了案件背后的真凶。

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看就要被拆穿了，巨大的危险正向柯南和他身边的人急速袭来！意识到事情危险性的江户川柯南独自展开了调查……

暗黑宇宙大皇帝安培拉星人为了再次进攻奥特之星，特意打造出了一套铠甲。这套铠甲拥有相当可怕的力量，只有像安培拉星人、贝利亚奥特曼这种拥有强大黑暗力量的外星人才能穿着。穿上这套铠甲的人，实力会增幅数十倍，其他人如果穿上这套铠甲，不光不能获得力量，反而会被铠甲所控制。安培拉星人死后，黑暗铠甲拥有属于自己的意识，在黑暗火焰（安培拉星人的宇宙船）的空间中出现。黑暗铠甲吞噬了希卡利并夺走了希卡利的意识，使希卡利变成了黑暗铠甲的傀儡，让地球再次出现了许多怪兽。后来，梦比优斯按希卡利之前教给他的办法，在GUYS队员的帮助下，让黑暗铠甲裂开了一条缝隙，希卡利借此得以脱身。脱身后希卡利和梦比优斯直接击碎了黑暗铠甲，没想到，破碎的黑暗铠甲居然再度复活了。一场恶战再次打响……

14岁的爱莉卡·梦宫为了寻找母亲的下落来到了大都市。在那里有着一群被称作“乙HiME”的女性，她们专门为王族或政治家等掌权者提供帮助，成为他们的参谋，是华丽而优雅的社交之花，全世界少女的憧憬。有香被乙HiME们活跃的身影打动，决定成为在最高点的“舞乙HiME”的一员。曾经孕育了许多“乙HiME”的伽尔德洛偑学院，是无数少女们寄托了梦想的所在，有香加入了想要努力争取进入这所学院的行列之中，并与少女妮娜等人相识。在萦绕着友情与恋情的竞争中，几位少女们渐渐成长着。

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时，一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动呢？

江户时代末期，被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过着异想天开的生活。

梦比优斯在巡逻时接收到光之国的讯息，得知希卡利在怪兽墓场陷入危机，遂马上赶往救援，并与已经抵达艾斯、泰罗碰头。梦比优斯赶到怪兽墓场时，发现艾斯和泰罗已经落入四天王的圈套并被擒做人质，而希卡利竟然和四天王合作，逼迫梦比优斯进入炎之谷取出终极战斗仪。梦比优斯无法相信这一切，却也无可奈何，只好进入炎之谷，并与新认识的伙伴机械扎姆联手战胜了守卫炎之谷的芝顿，最终取得了终极战斗仪。实际上，希卡利是假意和四天王合作，在梦比优斯拿出终极战斗仪的一刻，就利用终极战斗仪的力量救出了被抓的艾斯和泰罗。奥特兄弟借此得以发起反击，并以绝对优势击败了暗黑四天王。没想到的是，美菲拉斯星人在临死前，触发了机械扎姆的隐藏身份，原来机械扎姆是安培拉星人的复活装置。为了阻止安培拉星人的复活，梦比优斯最终只好亲手消灭了这个新的朋友。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

一颗陨石坠落到地球的海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失。地球的气候因此出现异常，人类的生存环境不断恶化，地球上的树木枯萎，土地都变成了沙漠。更可怕的是，从那颗陨石中冒出了大量的外星生物异虫，它们有着强大的力量，并开始侵略人类的世界，让人类处在恐慌之中。为了对抗外敌的入侵，人类组成杰特这个特殊武力组织，并且花费人力物力开发出了假面骑士系统。然而，一些杰特的成员因不满杰特的做法，而选择脱离组织，成立了一个新的组织——新杰特。杰特和新杰特冲突不断，在一次杰特与新杰特的对抗中，一个神秘的男子天道总司出现了，他拥有变身成为假面骑士甲斗王的强大能力，但却不属于任何一个组织，这让交战双方都感到非常惊讶。其实在这场纷争背后，有一个可怕的阴谋正在悄悄地进行……

"这是两位同龄同名少女「NANA」的故事。一个是自小被母亲抛弃，从小就独立自主，为了在歌坛闯出一片天而到东京寻找出道机会的庞克乐团女主唱大崎娜娜；另一个是普通家庭出身，老是在恋爱路中跌跌撞撞，却依然一心向往恋爱，甚至只身跑到东京追求男友的小松奈奈。两个人背景南辕北辙，个性更是天差地远，却阴错阳差地成为室友。于是，两个NANA的故事，两个20岁女子的友情与恋爱、梦想与实现、相聚与离别，就要展开…。"

一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰，一名神秘女子出现，随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人，结果又出现了2台外星机器人，高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险，主动与高斯合体，利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现，他不但启动了两2台外星机器人，并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，除非奇迹出现。然而，武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去，他们四处奔走寻找，希望奇迹真的能够出现！

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利小五郎不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味着这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，但突然间停电了，那一刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子，事情越来越扑朔迷离。