一天名侦探毛利小五郎收到了一张寄给他的请帖，里面是一个神秘男子的委托，神秘男子邀请毛利小五郎等人前往横滨的一个游乐场。小五郎和江户川柯南一行人快乐地来到游乐场游玩，还带上了可以出入无阻的VIP手表。不料他们却中了那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则手表上的炸弹便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，如果柯南和小五郎不能解开谜题，小兰和少年侦探团也会随着游乐园一起粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人一起努力调查犯人的真面目时，危机却不断展露在眼前，时间一分一秒地逼近，犯人无赖地设下了最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名神秘男子居然直接称呼柯南为工藤新一，这到底是怎么一回事？

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。

某个晴天的星期六傍晚,愉快的周末正到访每一个家庭,这本是和平的一刻,那时候谁也不知道从遥远的宇宙中有着如何地可怕危机正在渐渐迫近，巴尔坦星人本想跟地球人生活在一起，起初并没打算恶意破坏，但是被高斯阻止，巴尔坦迫切的想给他星球的孩子找个家，于是反抗高斯，由于月神形态并不是战斗模式，高斯首战几乎同归于尽，后被少年武藏，也就是高斯奥特曼连续剧的主角所救，本可以和平相处，但是防卫队首长却一意孤行攻击巴尔坦，终于惹怒了巴尔坦星人，幸亏高斯及时出现以强大的格斗压制了巴尔坦粉碎了他的目的，巴尔坦觉得对不起巴尔坦星球的孩子们于是便自杀，高斯埋葬巴尔坦途中，愚蠢的防卫队首长还竟然打算攻击高斯奥特曼，后被武藏父亲阻止，高斯后离开了地球等待武藏长大后再来找他。

赛罗奥特曼为了救盘龙号的船员，与黑暗洛普斯赛罗展开了激烈地战斗。在战斗过程中，由于赛罗一个不小心被打入了扭曲的空间里，在这个扭曲的空间里，赛罗居然遇到了奥特兄弟，只不过没想到的是，奥特兄弟居然对赛罗发动了攻击。原来这些奥特兄弟并不是真正的奥特兄弟，是一群人造的冒牌货。赛罗虽然无惧这些冒牌的奥特兄弟，但是由于对方人数较多，赛罗一时间也是陷入了苦战冒牌奥特兄弟不断对赛罗发动攻击，赛罗的体力渐渐开始不支了。就在千钧一发之际，雷欧奥特曼现身，特地赶来支援赛罗。在雷欧的帮助下，赛罗与雷欧合力击败了冒牌奥特兄弟。击败冒牌奥特兄弟，赛罗马上逃出扭曲的空间，赶回去支援盘龙号的船员们。从扭曲空间逃出来的赛罗再次与黑暗洛普斯赛罗交手。而日向船长终于查明了这件事的来龙去脉，这一切的背后都是一位叫海洛蒂亚的萨罗梅星人搞得鬼。她企图造出宇宙机器人军团，征服整个宇宙。可惜，有些东西根本不是海洛蒂亚能够掌控的。黑暗洛普斯赛罗的失控，宣布了海洛蒂亚的计划彻底失败。

20年前，奥特兄弟为了阻止由异次元人亚布鲁怨念衍生出来的终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯，奥特兄弟用尽了所有力量和萨乌鲁斯进行了一番苦战。最后，奥特杀手萨乌鲁斯被打败，沉入了神户港的深海。亚布鲁的怨念得以被封印，但是，奥特兄弟们也丧失了变身的能力。梦比优斯奥特曼来到地球半年后，隐约感觉到了神户的异样并独自一人去前去调查。梦比优斯奥特曼得知传说中的奥特兄弟作为人类，在神户生活着。此时，由多位外星人组成的宇宙联盟为了解开当年封印，也来到了地球。为了使沉睡在神户深海的奥特杀手萨乌鲁斯复活，宇宙联盟决定先铲除可能成为最大阻碍的梦比优斯奥特曼。光之国的佐菲向地球上的奥特兄弟们发出了奥特签名，提醒他们要小心宇宙联盟。一场正邪之间的较量再度展开......

宇宙突如其来的陨石，财团X为了取得附在其表面的物质而派员采集，传说中的7人骑士分别在世界各地阻止他们的行动。核心硬币与天文装置，就是财团X接下来的目的。因陨石的冲击导致空间扭曲，制造出虫洞连接40年后的时代的未来（2051年）。使用未来核心硬币的假面骑士波塞冬因此来到40年前的现代的现在（2011年），战斗的欲望驱使他企图消灭此年代的假面骑士。

十九世纪中叶，维多利亚时代的大英帝国，工业革命方兴未艾，理性与进步似乎凌驾一切，标志了人类文明昂首进步的无限可能。就在第一次万国博览会揭幕前夕，住在伦敦的13岁少年雷•史汀突然收到发明家祖父从美国寄来，称之为“蒸气球”（Steam Ball）的神秘动力装置。同时间，英国情报组织，以及一个名为奥哈拉基金会的黑暗组织，都觊觎“蒸气球”所蕴含的惊人力量。雷因此而突遭一伙身份不明的人的袭击，雷只好带着金属球，踏上逃亡之路。为寻求真相雷来到美国，从父亲艾迪口中雷得知“蒸气球”依据全新机械理论所设计，可以产生一种划时代的庞大能源，足以供应整个国家所需。路途中，雷邂逅了美丽的富家千金斯嘉丽。从小娇生惯养，却偏偏爱上了雷，自愿跟随孤独的雷一起踏上了冒险之旅……所谓的科学，究竟是人们的希望？还是将会毁灭一切。

警笛尖锐的鸣叫……警察和记者在黑暗的夜晚飞速的奔跑……雕刻着天使的塔顶上出现了两个背上长着翅膀的人影在激烈的战斗。拥有恶魔翅膀的怪盗Dark和拥有天使翅膀的Krad拼尽一般在塔内激战，Krad在Dark的事先预谋下被打进了具有封锁力量的黑耀石。当指针指到12点正的时刻，Dark将Krad封印在黑耀石里面。然而，Krad和Dark是同一个人的不同两面，当Krad被封印的同时，Dark也被同时封印。40年之后，在爷爷和妈妈的努力下，被封印了的Dark在14岁的丹羽大助身上觉醒。其觉醒的关键居然是大助喜欢的女生--原田梨纱的照片。睽违了40年之久的传说中的大怪盗Dark重现江湖……由于一次意外的发现，大助的同班同学日渡怜发现大助奇怪的能力，能解开精心设定过的密码，因而注意到大助，他怀疑大助就是重现江湖的怪盗Dark的宿主。而且他之所以会怀疑还有另外一个原因~~~传说中的怪盗的故事就这样展开了，到底大助是如何变身成Dark去执行任务却又不被发现呢？同学日渡怜的真实身份是什么？他为何绞尽脑汁要逮住怪盗Dark呢？让我们去揭开一切的真相吧…

很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现了。

鬼，也被人称为音击战士。音击战士共分三类，分别是 “打击乐”、“管乐”以及“弦乐”。由于每种乐器针对的是不同类型的魔化魍，所以音击战士们都会独立行动。而专门负责支援这些鬼的人们，则在幕后组成了名为“猛士”的组织。这个组织的规模遍布全国，不同的分部在全国各地互相联系，交换魔化魍的情报。魔化魍出现后，“猛士”再派出鬼去消灭魔化魍，保护人们的安全。安达明日梦是名初三的学生，在报考学校和选择自己的理想中迷茫不已。他跟随母亲回老家参加法事的途中遇见了一个神秘的男子。神秘男子以远超常人的身手救下了一名即将掉入大海的小孩，这个举动引起了安达明日梦的注意。随后发生的事超出了安达明日梦的想象，他一个普通学生的身份渐渐介入了一个他完全不知道的世界之中，那就是音击战士们的世界。在这里他会遇见什么样的人，什么样的事情，对安达明日梦的生活会有什么样的影响呢？这一切都要从立花甜品店开始说起。

柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来，他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查，发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时，他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。开幕酒会上，美绪作画时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本戴在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接着，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中对案件展开调查。

私立樱兰高校是一所富家子弟云集的贵族学校。资助生春绯迷路进入第三音乐室，“不幸”遇到了“社交俱乐部”的6位美男子。莫名其妙之间，春绯就要为被打破活动室价值800万日圆的花瓶负起责任！只好女扮男装为社交俱乐部工作还债，周旋在6位美男子之间，春绯的浪漫高中生活就这样开始了…… 是日本第一的贵族学校，超有钱的少爷小姐就读的名流高中。对于学生，第一讲究的是门第，第二是金钱。其教育方面也是极好的（这一点可以从春绯对其的向往中看出来）。学校理事长：须王 让（环的父亲）学校有大量社团，如剑道社、柔道社、同人社（这个貌似应该是有的吧！）其中男公关部最为有名（那是当然，本来片名就叫《樱兰高校男公关部》嘛！）男公关部成立的原因其实只是须王 环的一时兴起：既有钱又有闲暇……穷极无聊的六个美少年为招待同样穷极无聊的千金小姐们，品味华丽而优雅的短暂时间。口号：公关部是为了女孩子的幸福而存在的！！（听上去让人有一种很幸福的感觉。）

在都市的小孩子中，有着这样一个传言：只要在深夜0点的时候与“地狱通信”取得联系，将无法发泄的怨恨写下来，地狱少女就会出现，她将为你把怨恨的人打入地狱。然而让人意想不到的是，这个传言竟然是真实的。写给地狱通信的信件都会传达给一名叫做阎魔爱的少女，当她与信件中的怨恨感情产生共鸣的时候，她就会变身成为地狱少女。但是，若要实现愿望就要与她缔结契约的事，却没有在传说中提及到。“人的诅咒会打开两个通道。一个是把对手送往地狱的，而你的灵魂在死后也会往地狱同行。即使这样也无所谓吗？”

扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是一个枢纽，连接着其他各个次元。后来，机械哥莫拉再次出现，雷只好召唤哥莫拉前去迎敌。正当众人陷入危急之际，赛罗奥特曼出现了。

微型传说的战斗已经过了十年。在地球上，汽车人战士们发现了新的能源，也就是被称为“能量晶体”的奇特能源。在此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采触进攻，也就在此时，密卡登转生成为惊破天，并且重新集结霸天虎成员 世界变成了汽车人、霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。